Niezależnie od tego jak zbudowany jest system klastrowy, użytkownik nie jest na ogół w stanie stwierdzić czy pracuje na klastrze czy na pojedynczym komputerze. Często złożoność operacji przeprowadzanych w systemie jest przed nim ukryta. Użytkownik nie zdaje sobie sprawy jak skompilowany jest dany system i ilu innych użytkowników jednocześnie z niego korzysta. Jedynie inżynierowie i programiści są w stanie zauważyć i wykorzystać fakt pracy na maszynie klastrowej. System posiadający takie cechy określany jest jako przezroczysty (ang. transparent).

Istnieje grupa programów, które same swoją konstrukcją tworzą system klastrowy. Specjalistyczne bazy danych i programy do obliczeń numerycznych często zawierają w swojej budowie algorytmy zrównoleglające proces obliczeniowy tworzą tym samym system klastra wydajnościowego. Jednak znacząca większość z aplikacji „widzi” cały klaster jako maszynę z dużą ilością pamięci operacyjnej i dyskowej oraz z kilkoma procesorami, które dany program może jednocześnie eksploatować. Występuje tu jednak pewna różnica przy tworzeniu rozwiązań problemów obliczeniowych w programach pisanych na użytek klastrów. Program przeznaczony na klaster musi umieć wykonywać swoją pracę w sposób równoległy. Oznacza to, że powinien umożliwiać podział zadania na niezależne od siebie granulki i „odpalenie” każdego z procesów na oddzielnej maszynie. Po zakończeniu obliczeń wyniki z kolejnych węzłów są przesyłane w miejsce inicjacji obliczeń i tam „składane” jako wynik obliczeń.